В народной медицине настой пастушьей сумки принимают внутрь для лечения аденомы и атонии матки, фибромиомы, болезней почек, мочевого и желчного пузыря, печени. Также ее используют при гемофилии, гематурии, геморроидальных и носовых кровотечениях, длительной и болезненной менструации, туберкулезе почек, нарушениях минерального обмена, сердечно-сосудистых заболеваниях. Пастушью сумку применяют в случае ревматизма, подагры, запора, воспаления мочевого пузыря, при обнаружении камней в желчном пузыре и почечных лоханках, печеночных и почечных коликах, обострении язвы желудка.

Компрессы и примочки из настоя пастушьей сумки помогают от ушибов и воспаления сухожилий. Настойку используют для обмывания заднего прохода при выпадении прямой кишки, расслаблении мышц сфинктера и недержании кала.